Через них вода никак не может попадать, скорее всего или через прогнишний поддомкратник или через уплотнитель лобового/двери/форточки/окна.
Ну, во всяком случае следы потеков были как раз под отверстиями, причем с обеих сторон. Поддомкратники в порядке, уплотнитель тоже. И все же, зачем на заводе латки клеили?